Desde su fundación, El Colegio de Puebla, A.C. ha mostrado un gran interés en formar cuadros de investigadores dentro de las áreas de humanidades y ciencias sociales, de esta forma, y derivado de sus planes y programas de estudio, cada uno de sus posgrados apuntan hacia el desarrollo del conocimiento científico con la intención de atender los retos del crecimiento local y regional, la desigualdad social, la sustentabilidad ambiental, la evaluación para la calidad de la educación, y otros temas más recientes y que requieren estudios, análisis y propuestas tanto en las materias de transparencia y la rendición de cuentas como en las relativas a políticas anticorrupción de las instituciones de la administración pública federal y estatal.
Las principales líneas de investigación de El Colegio corresponden a dos de sus principales áreas de estudio: