El Colegio fue fundado el 21 de diciembre de 1984. Sus miembros fundadores fueron el Gobierno del Estado de Puebla, a través de las secretarías de Educación y Cultura, el Consejo Estatal de Ciencia y Tecnología, el Ayuntamiento del Municipio de Puebla y El Colegio de México. El 3 de enero de 1985 el Colegio de Puebla abrió sus puertas a la comunidad académica.

Durante 33 años ha realizado una labor formativa de alto perfil investigativo. El Colegio ha desarrollado una tradición académica de calidad y que toma el ámbito regional como uno de sus ejes más relevantes para abrir e impulsar sus posgrados.

Las instancias que permanecen en la Asamblea General de Asociados y que respaldan a El Colegio son: Gobierno del Estado de Puebla, a través de la Secretaría de Educación Pública del Estado de Puebla, la Secretaría de Cultura y Turismo del Estado de Puebla, el Consejo Estatal de Ciencia y Tecnología del Estado de Puebla y el Ayuntamiento del Municipio de Puebla.